انجمن ارگانیک ایران بر اساس اساسنامه ماده 8 ، به منظور پیشبرد اهداف و ایفای مطلوب وظایف در خصوص ساماندهی صنعت ارگانیک، ک با بهره‌گیری از کلیه پتانسیل های موجود در بیم اعضای انجمن کمیسیون های تخصصی را تشکیل میدهد. آیین نامه تاسیس و فعالیت کمیسیون‌های تخصصی به تصویب هیئت مدیره انجمن رسیده است.
در حال حاضرکمیسیون های زیر در انجمن ارگانیک ایران فعال می باشد:
- کمیسیون تولید
- کیسیون بازرگانی
- کمیسیون نهاده ها
- کمیسیون آموزش و پژوهش
- کمیسیون آرایش و بهداشتی
- کمیسیون حقوقی
- کمیسیون استاندارد و بازرسی
- کمیسیون سلامت و محیط زیست
- کمسیون غذا و دارو
- کمیسیون روابط عمومی و امور بین الملل
- کمیسیون وگان